樊城区机构工作程序有申请、受理、审核、审批、发文五个环节。工作程序如下：
　　一、申请
　　申请单位向区编委呈报专题请示。
　　二、受理
　　区编办对申请单位提交的申请材料进行初步审查。
　　三、审核
　　区编办召开编委主任办公会讨论审核申请单位提出的申请成立的工作机构是否符合上级党委、政府和编制部门的相关规定，对符合规定的提请区编委会集体讨论。
　　四、审批
　　根据区编委主任的意见及时召开区编委全体会议对区编办提出的机构事宜进行研究讨论，并形成意见。区编办根据区编委会集体研究意见按管理权限由区编委直接批复或上报市编办审批，需要上报市编办审批的根据市编办的批复对申请单位作出同意机构设置或者撤销、更名、合并、调整的决定。
　　五、发文
　　区编办根据编委的研究意见和市编办批复意见行文。