事业单位设立登记、变更登记、注销登记的程序依次是申请、受理、审查、核准、发(缴)证章、公告。
登记管理机关对事业单位登记申请应当自受理之日起30个工作日内办结。
(一)申请。申请人向登记管理机关提出有关登记请求。
申请人应当如实填写有关申请材料，并对提交的申请材料的真实性负责。
(二)受理。登记管理机关对申请人提交的登记申请材料进行初步审查，作出受理或者不予受理的决定。
登记申请不属于本登记管理机关管辖范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关机关申请。
登记申请不符合法定条件的，应当在5个工作日内作出不予受理的决定，并说明理由。申请材料存在可以当场更正的错误的，应当允许申请人当场更正。申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在5个工作日内一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。
登记申请属于本登记管理机关管辖范围，申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照本登记管理机关的要求提交全部补正申请材料的，应当受理。
(三)审查。登记管理机关审查申请人是否符合规定的登记条件。
根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，登记管理机关应当指派两名以上工作人员进行核查。
登记管理机关审查时，发现登记申请直接关系他人重大利益的，应当告知该利害关系人。申请人、利害关系人有权进行陈述和申辩。登记管理机关应当听取申请人、利害关系人的意见。
(四)核准。登记管理机关对申请人作出准予登记或者不予登记的决定。
登记管理机关依法作出不予登记决定的，应当说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
(五)发(缴)证章。登记管理机关向核准登记的事业单位发(缴)证章。
(六)公告。登记管理机关对核准登记的有关事项予以公告。
设 立 登 记 （备 案）
申请事业单位法人设立登记的单位，应当具备下列条件：
(一)经审批机关批准设立；
(二)有规范的名称和组织机构(法人治理结构)；
(三)有稳定的场所；
(四)有与其业务范围相适应的从业人员、设备设施；经费来源和开办资金；
(五)宗旨和业务范围符合事业单位性质和法律、政策规定；
(六)能够独立承担民事责任。
申请事业单位法人设立登记，应当向登记管理机关提交下列文件：
(一)事业单位法人设立(备案)登记申请书；
(二)事业单位法定代表人登记申请表；
(三)事业单位章程草案；
(四)审批机关批准设立的文件；
(五)拟任法定代表人现任该单位行政职务的任职文件；
(六)拟任法定代表人的居民身份证复印件或者其他身份证明文件；
(七)具有法定资格的验资机构出具的验资证明；
(八)住所证明；
(九)登记管理机关要求提交的其他相关文件。
企业、事业单位、社会团体等组织利用国有资产举办事业单位的，还应当提交举办单位的法人资格证明文件。
业务范围中有涉及资质认可事项或者执业许可事项的，需出示相应的资质认可证明或者执业许可证明，并提交其复印件。
变 更 登 记
事业单位的登记事项需要变更的，应当向登记管理机关申请变更登记。
变更名称、法定代表人、宗旨和业务范围、经费来源的，应当自出现依法应当申请变更登记的情况之日起30个工作日内，向登记管理机关提出申请。变更住所的，应当在迁入新住所前向登记管理机关提出申请。
开办资金比原登记的开办资金数额增加或者减少超过20%的，应当申请变更登记。
事业单位申请变更登记，应当向登记管理机关提交下列文件：
事业单位申请变更登记，应当向登记管理机关提交法定代表人签署的事业单位法人变更登记申请书和《事业单位法人证书》副本复印件。
因变更事项的不同，还应当提交其他相应文件：
(一)变更名称的，提交审批机关批准文件；
(二)变更住所的，提交新住所证明文件；
(三)变更宗旨和业务范围且内容涉及资质认可或者执业许可的，出示相应的资质认可证明或者执业许可证明，并提交其复印件；
(四)变更法定代表人的，提交事业单位法定代表人登记申请表、现任法定代表人免职文件、拟任法定代表人任职文件和居民身份证复印件或者其他身份证明文件；
(五)变更经费来源的，提交经费来源改变的证明文件；
(六)变更开办资金的，提交具有法定资格的验资机构出具的验资证明。
注 销 登 记
事业单位有下列情形之一的，应当向登记管理机关申请注销登记：
(一)举办单位决定解散；
(二)因合并、分立解散；
(三)依照法律、法规和本单位章程，自行决定解散；
(四)行政机关依照法律、行政法规责令撤销；
(五)事业单位法人登记依法被撤销，或者事业单位法人证书依法被吊销：
(六)法律、法规规定的应当注销登记的其他情形。
事业单位申请注销登记，应当向登记管理机关提交下列文件：
事业单位应当自清算结束之日起15个工作日内，向登记管理机关申请注销登记并提交下列文件：
(一)法定代表人签署的事业单位法人注销登记申请书；
(二)撤销或者解散的证明文件；
(三)有关机关确认的清算报告；
(四)发布该单位拟申请注销登记公告的凭证；
(五)《事业单位法人证书》正、副本及单位印章；
(六)登记管理机关要求提交的其他相关文件。
清算报告的主要内容
清算报告是指清算组织完成清算后提出的对申请注销登记的事业单位的资产、债权债务进行清理后的书面报告。清算报告经有关机关机构确认后生效，是事业单位注销登记的重要文件之一。清算报告在事业单位提出注销登记前完成，申请注销登记时必须提交清算报告。
清算报告一般包括以下内容：
（一）导语。主要概述清算组织人员组成情况，确定清算基准日期（指确定清算工作开始的日期），扼要总结工作，说明委托哪些机构完成哪些工作；
（二）事业单位概况。内容有该单位性质、地址、《事业单位法人证书》号和代码标识、资金、职工人数、单位运转状况及注销的原因；
（三）进行清算的法律依据。主要是《事业单位登记暂行条例》、《审计法》等相关法规；
（四）清算组织的工作情况，如进行接管、清理财产、确认债权债务、财务审计、总体资产评估、无形资产评估、委托税收机关或海关出具完税证明；
（五）确定清算基准日账面资产负债情况；
（六）清算审计情况，包括该事业单位的流动资产、对外投资、固定资产、流动负债、长期负债情况等；
（七）资产评估情况，主要由依照国家有关法律、法规具有相关资质的机构对被清算单位的固定资产、房地产、无形资产等进行评估，在此基础上由清算组织进行综合评估；
（八）债权确认情况，主要说明债权的组成和债权人的情况；
（九）清算组织提供的事业单位的无诉讼争议和未完结的事项的情况说明；
（十）清算费用，详细注明支出清算费用的项目和数字；
（十一）清算结论，对清算的整体资产进行总的估价。
监 督 管 理
登记管理机关对事业单位依法实施下列监督管理：
(一)监督事业单位按照规定办理登记和提交年度报告；
(二)监督事业单位按照登记事项从事活动；
(三)制止和查处事业单位违反条例和本细则的行为。
事业单位应当于每年1月1日至3月31日，向登记管理机关报送上一年度执行条例和本细则情况的年度报告。
事业单位报送的年度报告应当包括下列内容：
(一)开展业务活动情况；
(二)资产损益情况；
(三)对条例和本细则有关变更登记规定的执行情况；
(四)绩效和受奖惩情况；
(五)涉及诉讼情况；
(六)社会投诉情况；
(七)其他需要报告的情况。
事业单位在报送年度报告时应当提交下列文件：
(一)《事业单位法人证书》正、副本；
(二)上一年度年末的资产负债表；
(三)有关资质认可或者执业许可证明文件(业务范围不涉及资质认可事项或者执业许可事项的除外)；
(四)法定代表人任职文件(原提交的法定代表人任职文件未设定任职期限或者未超过任职期限且未出现依法应当申请法定代表人变更登记情况的除外)；
(五)住所证明(原提交的住所证明未设定有效期限或者未超过有效期限且未出现依法应当申请住所变更登记情况的除外)；
(六)登记管理机关要求提交的其他相关文件。
登记管理机关一般在5个工作日内作出年检合格或者不合格的决定。
遗失《事业单位法人证书》补领程序
一、由申请补领单位向登记管理机关提交由其法定代表人签字的申请补领报告；
二、登记管理机关审查同意后，申请补领单位到登记管理机关指定的报刊上刊登所遗失证书作废的声明；
三、申请补领单位向登记管理机关提交在报刊上刊登的证书作废声明及申请补领证书要求提交的其它有关材料；
四、登记管理机关办理补发证书手续。
补领《事业单位法人证书》的，使用新的证书号，原证书号作废。如申请补领者只遗失了证书的正本或副本，应当收回未遗失的正本或副本。